La struttura originaria della Chiesa di San Carpoforo apparteneva a un tempio pagano romano dedicato alla dea Vesta, convertito poi in luogo di culto cristiano. La prima testimonianza provata dell'esistenza della chiesa risale all'anno 813. Nel 1787 diventò la chiesa sussidiaria della vicina Santa Maria del Carmine. Acquistata dal Comune di Milano nel 1864, fu concessa all'Accademia di Belle Arti di Brera nel 1993.
Attualmente ospita le attività didatti delle Arti visive: Pittura, Scultura, Decorazione, Grafica. Periodicamente si tengono seminari ed esposizioni.